交叉污染的主要来源
1、生熟不分
生熟不分主要包括了生熟区域不分、生熟人员不分、生熟器具不分、生熟食品不分等。
生熟区域不分主要由于同一区域内既有生制品或生物料，同时又有熟制品或半熟物料，而两种不同熟制程度的物料具有不同的卫生安全要求，因此，两种物料在同一区域内将发生严重的交又污染。生熟人员不分主要由于加工处理生制品的员工卫生防护控制与加工熟制食品的操作员工的卫生控制有着截然不同的要求，若出现生制品操作者进入熟制品加工车间，将产生交叉污染；
同时若出现熟制品车间操作工来回穿梭于生制与熟制车间，也将出现严重交叉污染。生熟器具不分是指用作盛放、搬运、切分、加工等器具同时用于生熟制品，而且期间并未对工器具进行彻底的清洁消毒，也无证据表明工器具的清洁程度可以达到熟制品的加工要求而产生的交叉污染。生熟食品不分是将生制品与熟制品相混放，盛放在同一器具或包装容器口造成严重的交叉污染。
综上所述，无论是区域、人员等造成的生熟交叉污染，还是器具等造成的交叉污染，都将造成食品的严重不安全与风险，因此，应采取有效措施预防生熟不分造成的交叉污染。
2、设备、设施、器具等消毒不当
设备、设施器具的消毒当，其卫生程度达不到规定要求，将给加工物料造成叉污染，尤其是直接接触加工物料的设备等更为严重。设备设施内部及表面的消毒不当将造成微生物的滋生及化学试剂等的残留，尤其是管道、传送带、料斗、罐体等不容易清洁的死角。清洁消毒不当将造成加工产品的交叉污染及不同批次产品的混合等，对食品安全造成影响。
3、消毒不当的裸手等接触未包装成品
加工操作者的手及其手套、大襟等是频繁接触食品的部位，如果裸手未经过严格的消毒，或者消毒不当，而造成手的表面、指甲等处存有有害微生物及物理杂质等，当手接触到食品时将造成交叉污染；如果食品加工过程中员工带手套操作，手套材质首先要是食品级，然后经过严格的毒清洗后方可上岗。员工所穿的大襟亦然。
当员工进出车间，如进出厕所或接触非洁净部位后必须将裸手消毒清洗干净后方可进入工作场所，否则将带入大量大肠杆菌及沙门氏菌等，造成交叉污染。若生产即食食品，且食品具有微生物卫生要求，有的中间生产过程也需要对裸手进行消毒。
原则上，员工若入厕所后无更衣洗手消毒过程是不允许进入车间的，也就是说这个位置的厕所设置有问题。对于裸手及其它直接接触面的消毒是否恰当有效，需要通过微生物涂抹试验来验证其效果。
4、加工区域内废弃物存放不当
加工车间内难免会产生部分废弃物，若处理不好这些废弃物的防护工作，将造成加工食品的交又污染。如加工车间内内包材脱除后的存放、落地食品的存放等；尤其是洁净车间内垃圾桶中垃圾废物的外溢、卫生清洁工具的不正确存放方式、裸手接触废弃物等，都将造成对食品的交叉污染。