能力薪酬体系与职位薪酬体系的区别主要有以下几点：
一、基于职位的薪酬体系
基于职位的薪酬体系，顾名思义，是以岗位的价值作为支付工资的基础和依据，在岗位价值基础上构建的支付薪酬的方法和依据，即在确定员工的基本工资时，首先对职位本身的价值作出客观的评价，然后再根据评价结果赋予承担这一岗位工作的人与该职位价值相当的基本工资。通俗地讲就是在什么职，拿什么钱。对职不对人，对于员工而言，职位更为客观、稳定。
优点：和传统按资历和行政级别的付酬模式相比，真正实现了同岗同酬，内部公平性比较强。职位晋升，薪级也晋级，调动了员工努力工作以争取晋升机会的积极性。
不足：如果一个员工长期得不到晋升，尽管本岗工作越来越出色，但其收入水平很难有较大的提高，也就影响了其工作的积极性。由于岗位导向的薪酬制度更看重内部岗位价值的公平性，在从市场上选聘比较稀缺的人才时，很可能由于企业内部的薪酬体系的内向性而满足不了稀缺人才的薪酬要求，也就吸引不到急需的人才。
二、基于能力的薪酬体系
基于能力的薪酬体系是以员工所具备的能力/技能作为工资支付的根本基础，即以人的能力要素作为工资支付的直接对象。这种模式认为员工获得报酬的差异主要来自人本身能力水平的差异，而非职位等级的高低、职位价值的高低。基于技能的薪酬体系用通俗的说法就是有好的能力就有好的结果，这种薪酬体系适用于企业中的技术工人、技师、科技研发人员、专业管理者等。
优点：员工注重能力的提升，就容易转换岗位，也就增加了发展机会，将来即使不在这个企业也会有竞争力。不愿意在行政管理岗位上发展的员工可以在专业领域深入下去，同样获得好的待遇，对企业来说留住了专业技术人才。员工能力的不断提升，使企业能够适应环境的多变，企业的灵活性增强。
不足：做同样的工作，但由于两个人的技能不同而收入不同，容易造成不公平感。高技能的员工未必有高的产出，即技能工资的假设未必成立，这就要看员工是否投入工作。界定和评价技能不是一件容易作到的事情，管理成本高。员工着眼于提高自身技能，可能会忽视组织的整体需要和当前工作目标的完成。已达技能顶端的人才如何进一步的激励，这也是其弱点之一。