因境内北有黄河，南有济水蜿蜒东流，河曲形成大陵，故曰阿；阿，有二：在赵者曰西阿，在齐者曰东阿。这就是东阿县名称的由来东阿县历史悠久，据史书记载，东阿县自春秋战国时期为齐国西陲小邑，先称柯，继曰阿。秦废封建置郡县，始称东阿县，属东郡。自秦已来，相沿至今已2200余年，其间除刘宋一度将东阿并入谷城县，解放后一度将东阿并入茌平县外，一直相沿。
春秋齐柯邑，《春秋庄公十三年》公会齐侯盟于柯，《杜注》“今齐北东阿，为齐之柯邑，犹祝柯今为祝阿也，”后为阿邑，秦时谓之东阿，汉置东阿县，故城在今山东阳谷县东北五十里，即今阿城镇，宋徙废。
春秋齐谷邑，后治谷城县，宋移东阿县治南谷镇，在今东阿县南十二里，又移利仁镇，亦在今县境，金又徙新桥镇，在今县北八里，明徙今治，清属山东泰安府，今属山东东临道，自春秋至明洪武8年，”东阿“县治设今阳谷县东阿镇；明洪武8年至民国东阿县治设今济南平阴东阿镇；建国后，东阿县设在今铜城镇。
春秋时，置柯邑，原属卫国，后属齐国。战国时改称阿邑，仍隶齐国。秦始称东阿，属东郡。汉置东阿县（治今阳谷县东阿镇），仍属东郡。三国时为魏地，亦隶东郡。西晋属济北国，东晋改国为郡，东阿属之。
南北朝大明元年（457）并入谷城县。北魏，恢复东阿县；东魏徙东阿县治于故城东10公里（今济南平阴东阿镇）。北齐，省谷城入东阿，属济州。隋代，属兖州济北部。唐武德四年（621），属济州，隶河南道。
天宝元年（742），更州为郡，隶济阳郡；同年恢复谷城县。唐天宝十三年（754），改属郓州东平郡。大历元年（766），郓州改为淄青道，东阿属之。
隋朝置阳谷县，东阿西南部划出属之。《续山东考古录》载有“隋置阳谷县，约得汉东阿地十之六、七”及“阳谷县，后魏东阿地”的记述。《阳谷县志》也有明确记载：“城东五十里有阿井，此井旧属阿邑，今并属阳谷县。”北宋太平兴国后，因黄河冲积，北部邻边县卢县（今铜城西部）废，部分划归东阿。
唐元和十四年（819）改隶天平郡。五代十国时，属郓州天平节度使。宋初，属京东路；庆历元年（1041）改隶西路安抚使；政和五年（1115）属大都督府，建炎元年（1127）改隶东平府。
金代，隶山东西路东平府。元初，隶东平路；至元九年（1272）东平改为下路总管府，东阿属之。
明初属东平府，洪武八年（1375年）又设县治于故谷城（今平阴县东阿镇），隶济宁府东平州，洪武十八年（1385）改属兖州，隶山东布政使司。时县境南北长50公里，东西宽32.5公里；东至平阴县界7.5公里，西至阳谷县界25公里，南至东平州界17.5公里，北至茌平县界30公里。
清初，属兖州府东平州；雍正十三年（1735）改隶泰安府。县治仍设东阿镇（今平阴东阿镇），境域略有变动，县境南北长45公里，东西宽27.5公里。县城至边界县距离，除西至阳谷县界缩短5公里外，其余与明代同；东北至平阴县界7.5公里，东南至东平县界15公里，西南至寿张县界30公里，西北至聊城县界22.5公里。
民国初期，县治仍设东阿镇（平阴东阿镇）境域与清同。1913年属山东济西道，1914年改属东临道。1927年废道级建制，直隶山东省，1937年后属山东省第六区。1940年建立东阿县抗日民主政府，隶鲁西行署第四专署；1941年7月，属冀鲁豫行署第四专署；1942年12月，冀鲁豫行署第一、四专署合并为第一专署，东阿属之。1945年8月，改隶冀鲁豫行署第六专署。
1947年冬，县机关迁驻铜城镇 。1949年8月，属平原省聊城专署东阿境域界定。原属东阿黄河以东村镇及西南张秋一带划出，原属平阴、聊城的部分地域并入东阿，茌平与东阿交错为邻的村庄，以赵牛河为界北归茌平、南属东阿。1952年11月，平原省撤销，改隶山东省聊城专区。1958年12月，东阿县撤销，其辖区分别并入寿张、茌平二县；1961年7月恢复东阿县，其隶属未变。1967年聊城专区改为地区，随改属聊城地区。1998年3月，聊城地区改为地级聊城市，随之改属聊城市。