医院的实物资产主要包括药品、库存物资、固定资产、在加工材料、对外投资、在建工程等多种，但常见的是前四种，因此主要讨论药品、库存物资、固定资产、在加工材料这四种物资的账务处理和实物的管理。
一、 药品。
近几年因药品价格虚高导致老百姓“看病贵、看病难”的问题一直是政府和社会关注的焦点，是采取医药分家还是其他方式来更有效地解决此问题至今仍没有定论。到目前为止，药品的消耗仍占医院各种物资消耗的最大比重，由此可见药品核算和管理的重要性。
其主要的核算方法如下：
1、入库 借：药品——药库
贷：应付账款（银行存款）
贷：差价
2、出库（领用）借：药品——药房（支出）
（借：差价）
贷：药品——药库
3、销售 借：银行存款（应收医疗款）
贷：药品收入
4、结转成本 借：药品支出
借：差价
贷：药品——药房
核算要点是药品只要进入医院就按零售价核算，只有在列支时才按成本核算。这就涉及列支时成本的统计。只要医院没有实行网络化管理，不能把住院、门诊、药库、药房等系统有机地联系起来，药品成本的核算永远只能是个概算数（因为各种药品的加成率有所不同，导致综合差价率是概算数），从而药品的品种管理也不可能做到位，同时盘点盈亏的正常范围也难以明确规定。由此可见医院的信息化程度决定着医院的管理水平。
医院管理年下的其中的硬性指标是药品占总收入的比例不能高于42%，这必须由医院全局控制；因此药品目前的财务管理方向是提高结转成本的精确程度，这就要求只要是确认了的药品收入都能同时知道其进价，也就是各药房对每一次发出的药品的品种、规格、数量、进销价的确认，即要求实行电子病历。
在日常的药品管理中，还应注意以下几点：
1、严格内部控制制度的执行，采购人不能同时担任验收人；
2、计划控制，确定合理的药品储备定额，库存量适中，保证供应的同时，不积压存货，以避免资金的过度占用和药品过期的浪费；
3、重视盘点（应由保管、记账及独立于这些职务的其他人员共同进行），因为盘点是发现核算和管理漏洞的有效途径；
4、特别提示，未能精确核算药品成本的医院，药品的收入核算部门与领用要一一对应，如属于住院收入的病人药品应从中心药房领取，属于门诊收入的病人药品应从门诊药房领取，不能药房、药库领用混淆，否则不但会有重复计算成本的可能，还会造成各库、房之间盘点盈亏的偏差。